Rak prostate: Veliki podaci otključavaju 80 novih ciljeva lijekova
U najvećoj studiji za analizu genetike karcinoma prostate, znanstvenici pronalaze ne manje od 80 novih potencijalnih meta lijekova. Projekt otvara široke mogućnosti za dizajn novih tretmana.
Izdvajanje genetskih podataka bilo je jednom davno glomazan i nevjerojatno dugotrajan zadatak.
Međutim, kako se tehnologija nastavlja poboljšavati, posao je postao znatno brži i jeftiniji.
Paralelno s tim, alati dostupni za rukovanje velikim skupovima podataka znatno su se poboljšali.
Zajedno, to znači da se oceani podataka prikupljeni genetskim kodom mogu analizirati, mapirati i kombinirati s relativnom lakoćom kako bi se pružila nova razina jasnoće.
Nedavno je međunarodni tim koristio ovaj dvostruki pristup DNK analize i velikih podataka kako bi se pozabavio genetikom karcinoma prostate. U potrazi za molekularnim žljebovima u oklopu bolesti, istraživanje je organizirao Institut za istraživanje raka u Londonu, Velika Britanija.
Izazovi karcinoma prostate
Rak prostate drugi je najčešći rak među muškarcima u Sjedinjenim Državama. Ove godine u SAD-u će se procijeniti 164.690 novih slučajeva raka prostate i gotovo 30.000 smrtnih slučajeva od te bolesti.
Iako su istraživači napredovali u razumijevanju i liječenju raka prostate, i dalje postoji niz poteškoća.
Kao što objašnjava voditeljica studije prof. Rosalind Eeles, "Jedan od izazova s kojima se susrećemo u istraživanju raka je složenost bolesti i mnoštvo načina na koje bismo je mogli potencijalno liječiti."
Doktorica Justine Alford, iz Cancer Research UK, iznosi još jedno pitanje u proučavanju i intervenciji kod raka prostate.
"Glavna je prepreka daljnjem napretku protiv raka prostate", objašnjava ona, "nedostatak načina za precizno predviđanje napredovanja neke bolesti, čineći izazovnim znati koji je tretman najbolji za svakog pacijenta."
Skupljanje genetskih podataka
Kako bi pristupili problemu iz novog smjera, istraživači su uzeli genetske informacije od 112 muškaraca s rakom prostate i kombinirali ih s podacima iz niza drugih studija. Ukupno su korišteni uzorci od 930 pacijenata.
Koristeći najnovije tehnike velikih podataka, tim je stekao novi uvid u genetske promjene koje potiču razvoj i potiču napredak raka prostate. Jednom kad su shvatili o kojim su genima riječ, mogli su stvoriti mapu proteina koji su kodirani tim genima.
Zatim su se okrenuli bazi podataka koja se zove canSAR, a koja kombinira podatke iz studija, primjenjuje strojno učenje i pomaže pružiti uvid u otkrivanje lijekova.
CanSAR na svojoj web stranici može objasniti pitanja na koja njihova baza podataka želi odgovoriti: „Što je poznato o proteinu, u kojem se karcinomu on izražava ili mutira i koji se kemijski alati i modeli staničnih linija mogu koristiti za eksperimentalno ispitivanje njegove aktivnosti? Što je poznato o lijeku, njegovom profilu stanične osjetljivosti i na koje se proteine zna vezati, što može objasniti neobičnu bioaktivnost? "
Znanstvenici su otkrili da je 80 proteina koje su otkrili potencijalne ciljeve lijekova. I 11 od njih ciljano je na postojeće lijekove, a sedam drugih moglo bi biti na meti lijekova već u kliničkim ispitivanjima.
Njihova otkrića objavljena su ovog tjedna u časopisu Genetika prirode.
"Naše je istraživanje primijenilo najmodernije tehnike u analizi velikih podataka kako bi otkrilo mnoštvo novih informacija o raku prostate i mogućim načinima suzbijanja bolesti."
Prof. Rosalind Eeles
Pogled u budućnost
Otkrića će trebati daljnja proučavanja prije nego što se mogu klinički koristiti, ali pružaju niz novih mogućnosti.
Kako objašnjava koautor prof. Paul Workman, „Ova je studija otkrila izuzetno velik broj novih gena koji pokreću razvoj raka prostate i dala nam vitalne informacije o tome kako iskoristiti biologiju bolesti kako bismo pronašli potencijalne nove načine liječenja. "
Nada se da će njihov rad "potaknuti val novih istraživanja genetskih promjena i potencijalnih ciljeva lijekova koje su oni identificirali, s ciljem da pacijenti imaju što bržu korist".
Još jedan kamen spoticanja za dizajn liječenja raka prostate je način na koji bolest različito napreduje kod svakog pojedinca. To znatno otežava odluku o tome koje su mogućnosti liječenja najprikladnije za svakog pacijenta.
Dr. Alford nada se da „[b] u velikoj mjeri poboljšavajući naše razumijevanje genetike koja stoji iza bolesti, [...] u budućnosti bi ovo znanje moglo pomoći liječnicima da bolje prilagode liječenje karcinomu pojedinca i nadam se da će više ljudi preživjeti svoju bolest. "
Ovo su rani dani, ali nalazi koji će proizaći iz sljedeće generacije studija mogli bi transformirati to područje.
