Istraživači otkrivaju gotovo 2000 novih bakterija u crijevima
Prema brojnim nedavnim istraživanjima, populacije bakterija ljudskog crijeva sposobne su utjecati na različite aspekte našeg fizičkog i mentalnog zdravlja. Unatoč tome, mnoge bakterije ostaju "neucrtane" od strane znanstvenika. Nova studija otkrila je otprilike 2000 ranije nepoznatih crijevnih bakterija.
Nedavne studije koje pokriva Medicinske vijesti danas su pokazali da bi mikrobiota crijeva mogla imati ulogu u Parkinsonovoj bolesti i demenciji, i mogu objasniti zašto lijekovi za dijabetes tipa 2 dobro djeluju na neke, ali ne i na druge.
Novo istraživanje - objavljeno jučer u časopisu Priroda - sada je identificirao gotovo 2000 novih bakterijskih vrsta u crijevima koje znanstvenici nikada prije nisu uzgajali u laboratoriju.
Tim istražitelja, iz Europskog instituta za bioinformatiku (EMBL-EBI) i Instituta Wellcome Sanger, oba iz Hinxtona u Velikoj Britaniji, koristio je računalnu analizu za procjenu uzoraka mikrobioma crijeva od sudionika širom svijeta.
"Računske metode omogućuju nam da razumijemo bakterije koje još ne možemo uzgajati u laboratoriju", objašnjava autor studije Rob Finn iz EMBL-EMI.
„Korištenje metagenomije [analiza genetskog materijala] za rekonstrukciju bakterijskih genoma pomalo je poput rekonstrukcije stotina zagonetki nakon miješanja svih dijelova, ne znajući kako konačna slika treba izgledati i nakon što je u potpunosti uklonilo nekoliko dijelova iz miješajte samo da to bude malo teže “, nastavlja.
Međutim, Finn dalje napominje, "Istraživači su sada u fazi kada mogu koristiti niz računalnih alata koji će nadopuniti i ponekad voditi laboratorijski rad, kako bi otkrili nove uvide u ljudska crijeva."
Novi pristup
Tim je uspio rekonstruirati 92.143 genoma iz uzoraka iz 11.850 različitih crijevnih mikrobiota.
To je omogućilo istraživačima da identificiraju 1.952 vrste bakterija u crijevima za koje oni i drugi nisu znali do ovog trenutka.
Finn i suradnici objašnjavaju da su mnoge bakterijske vrste "zadržale niski profil", da tako kažem, jer su ih znanstvenici pronašli u vrlo malom broju u crijevima ili ne mogu preživjeti izvan crijevnog okruženja.
To je, napominju, do sada spriječilo znanstvenike da dodaju takve vrste na svoj popis crijevnih bakterija za koje znaju. Iz tog razloga je i razlog zašto je tim koji je proveo sadašnje istraživanje odlučio krenuti novom rutom - i upotrijebiti kombinaciju računskih metoda kako bi pokušao doći do sveobuhvatnije "mape" ljudske mikrobiote.
"Računske metode omogućuju nam da dobijemo predodžbu o mnogim bakterijskim vrstama koje žive u ljudskim crijevima, kako su se razvile i kakve uloge mogu igrati u svojoj mikrobnoj zajednici", kaže koautor studije Alexandre Almeida.
Prema stvaranju "čvrstog plana"
„U ovoj smo studiji“, objašnjava Almeida, „iskoristili najopsežnije javne baze podataka o gastrointestinalnim bakterijama kako bismo identificirali bakterijske vrste koje prije nisu viđene. Metode analize koje smo koristili vrlo su ponovljive i mogu se primijeniti na veće, raznovrsnije skupove podataka u budućnosti, što omogućuje daljnje otkriće. "
U budućnosti se istraživači nadaju da će ova i slična istraživanja dodatno pomoći njihovom razumijevanju ljudskog crijeva, što će zauzvrat pridonijeti razvoju boljih tretmana različitih stanja.
"Ovakva istraživanja pomažu nam u stvaranju takozvanog plana ljudskog crijeva, koji bi nam u budućnosti mogao pomoći da bolje razumijemo ljudsko zdravlje i bolesti, a mogao bi čak voditi i dijagnozu i liječenje gastrointestinalnih bolesti."
Koautor studije Trevor Lawley s Instituta Wellcome Sanger
Istodobno, tim primjećuje da je ova studija učinila istraživače svjesnima velikog jaza u istraživanjima oko crijevnih bakterija.
Znanstvenici trenutno znaju relativno malo o bakterijskim vrstama koje su karakteristične za druge populacije osim onih koje naseljavaju Europu i Sjevernu Ameriku, naglašavaju istražitelji.
„Vidimo da se puno istih bakterijskih vrsta pojavilo u podacima europskih i sjevernoameričkih populacija. Međutim, nekoliko južnoameričkih i afričkih skupova podataka kojima smo imali pristup za ovo istraživanje otkrilo je značajnu raznolikost koja nije bila prisutna u bivšim populacijama ”, napominje Finn.
"To sugerira da je prikupljanje podataka od nedovoljno zastupljene populacije ključno ako želimo postići uistinu sveobuhvatnu sliku o sastavu ljudskog crijeva", dodaje, pozivajući istraživače da se i dalje usmjeravaju na raznovrsnije kohorte.
